人体含有数万亿细菌细胞。这个庞大的，尚未开发的细菌群落称为微生物组，已与人类健康的许多方面相关联，从胃肠疾病到肥胖。重要的是，用抗生素破坏微生物组可以通过清除肠道中的有益细菌来引起疾病。

粪菌微生物菌群移植(FMT)是一种创新的研究性治疗，在随机，对照临床试验中，已解决了80-90%的对艰难梭菌无反应的反复感染引起的感染，这种感染对抗生素无反应。在FMT期间，将经过精心筛选的健康粪菌供体的粪菌制剂移植到患者的结肠中。有多种给药途径(例如，通过结肠镜检查，鼻肠管，胶囊)，每种途径都有独特的风险和益处。

如何工作?尽管其机制尚未确定，但可以相信FMT可以通过用竞争性排斥艰难梭菌的多种微生物重新填充患者的微生物组来发挥作用。

在一个健康的肠道群落中， 艰难梭菌被许多不同细菌物种竞争。但是，接受抗生素治疗会杀死那些保护性细菌，从而破坏了这个生态系统。艰难梭菌形成对抗生素具有抗性的孢子。这种病原体不再竞争，而是在肠道中建立自身并产生毒素，使患者遭受严重的腹泻，腹痛和发烧的困扰。通过从健康供体的粪菌中注入细菌，艰难梭菌再次被淘汰。

研究人员还在探索FMT在治疗其他胃肠道疾病中的潜在作用。尽管FMT是治疗艰难梭菌感染的引人注目的工具，但也存在重要的风险。凳子是细菌和其他生物的复杂活体混合物。尽管可以仔细筛查粪菌供体中的已知传染原，但始终存在测试可能无法检测到病原体的风险。通过结肠镜检查或其他给药方法接受FMT也存在程序风险。